>Разница между "дух-душа" и "призрак-душа" принципиальна.
Конечно, принципиальна. "Призрак" неграмотно употреблять в таком контексте, в том и разница. Оригинальный термин автора такой кривизны не имеет.

>Автор не религиозный трактат сочинял.
Слово "дух" не превращает произведение в религиозный трактат. Тем более что название перекликается с Кестлеровским "Духом в машине".