В аниме человеческий ghost имеет вполне себе материальную сработанную машинами и руками оболочку в виде кибермозга.
И в приведённых вами текстах слово дух неупотребимо - везде там речь идёт только и исключительно о душе. Это не синонимы и никогда ими не были даже для материалистов, просто в силу исторически сложившегося смысла этих слов.

Не могли бы вы привести ссылку на эту самую критику? А то я нашел единственный комментарий - и тот от робота.